无论是市场经济发展的内在要求，还是解除对国内企业的非公平税收因素，以及适应加入WTO的外在压力，都要求尽快合并内外资企业所得税，对此，已为共识。问题是在于合并内外资企业所得税时，必然会碰到一些困难，需要寻求对策加以解决。焦点一是名称的确定；焦点二是税率的确定；焦点三是所得税优惠政策以何种方式实行，计税工资问题，且对涉外企业所得税优惠的如何处置，（这也是合并内外资企业所得税中最需要解决的，在此作详细论述）；焦点四是税收征管权限问题。
    一 、名 称 的 确 定
    关于名称的确定主要有三种观点，观点一是叫做企业所得税，观点二是叫做法人所得税，观点三是叫做公司所得税，三种观点各有说法。我们课题组比较倾向于公司所得税观点，理由是：①叫做企业所得税，一则是传统有计划商品经济色彩较浓，二则是国际上此类叫法不多；② 叫做法人所得税，主要是意味着对所有的包括行政单位在内的法人，都要纳入税务管理行列，最基础的一点，是必然要求所有法人都要办理税务登记、纳税申报等一系列税务事宜。这样一来，无形中加大改革的阻力，有点偏于理想化；③ 叫做公司所得税，不仅能避免上述情况，而且符合国际通行做法，再者对于行政事业单位拥有经营性或应税收入，可比照公司交纳公司所得税。
    二 、 税 率 的 确 定
    根据有关部门测算，外资企业所得税实际综合税率为13%，内资企业所得税实际综合税率为25%。对企业所得税，应适应发展的需要，将法定税率从33%降至25%，以有利于鼓励投资；并设置15%和10%两档优惠税率，以支持西部大开发和高新技术产业发展。因此而减少的财政收入，可通过扩大个人所得税基及"费改税"保证。
    三 、所 得 税 优 惠 政 策
    内外资企业所得税优惠政策在促进企业技术进步、支持教育福利事业、扶持新办企业、促进社会稳定、引进外资等方面发挥了一定的积极作用，但随着社会主义市场经济体制的深入发展和经济结构调整，原有的弊端也日益显现。
    （一）、内资企业所得税优惠政策方面
    94年税制改革后，企业所得税暂行条例中只笼统地规定了二项优惠条款，大量的优惠措施是通过行政规章来规定的。从宏观调控的角度来看，企业所得税收优惠存在一些不足：
    1、 税收优惠过多过滥，导致收入流失严重。
    2、 税收优惠的运用，侧重于困难性照顾，未能突出政策性鼓励为主的原则，在实施过程中又往往被人为地扩大。目前情况来看，以下三方面的问题较为突出：第一，民政福利企业和校办企业所得税减免。从减免税金的使用来看，仅有极少部分用于社会福利事业和用于发展生产、集体福利。对校办企业的优惠，本意是弥补教育经费不足。但企业所得税减免的全部税款中只有很少一部分真正用到教育上，而相当大一部分成为所谓校办企业的利益；第二，区域性优惠不尽合理。中西部地区的税收优惠，没有与税收收入任务挂钩，这些地区本身税源少、财政困难，很容易使优惠落空。而且税收优惠缺乏针对性；第三，劳动服务企业及安置失业下岗职工原减免税规定明确，但实际操作中存在的种种问题，这种普惠性质的减免税政策实际所能产生的效应是有限的，税收过度地承担了解决社会问题的职能，混淆了税收收入和财政支出的职能。
    3、 优惠方式比较单调，主要为优惠税率和定期减免。现行内资企业所得税设置了27%和18%的两档优惠税率，目的是照顾中、小企业，但是低档优惠税率在某种程度上不利于企业集中经营，壮大规模，影响了税收对引导资源配置效率的发挥；同时还存在着因边际税率转换而额外增大税负的矛盾；由于企业所得税实行季度预征，年终汇算清缴，也不便于实际操作。其实，加速折旧、税前优惠扣除等措施都是可以考虑的调控手段。
    （二）、外资企业所得税优惠政策方面
为了鼓励外商来华投资，促进我国经济的改革开放，税法规定了广泛的税收优惠政策。
    1、减免税优惠
根据《外商投资企业和我国企业所得税法》和《外商投资企业和我国企业所得税实施细则》的规定：
    ① 对于生产性外商投资企业，经营期在10年以上的，免征企业所得税，第3年至第5年减半征收企业所得税。
    ② 为了鼓励和引导外商向能源、交通等重要项目投资建设，国家对其给予更优惠的减免税待遇。
    ③ 在某些特定地区直接投资办企业的税收优惠。
    ④ 鼓励向我国企业提供资金和转让技术的税收优惠。
    2、再投资退税
    ① 外商投资企业的外国投资者，将从企业取得的利润直接再投资于该企业，增加注册资本，或者作为资本投资开办其他外商投资企业，经营期不少于5年的，经投资者申请，税务机关批准，退还其再投资部分已缴纳所得税的40%税款。
    ② 外国投资者在中国境内直接再投资举办、扩建产品出口企业或者先进技术企业，以及外国投资者将从海南经济特区内的企业获得的利润直接再投资于海南经济特区内的基础设施建设项目和农业开发企业，经营期不少于5年的，经投资者申请，税务机关批准，全部退还其再投资部分已缴纳的企业所得税税款。
    可以看出，外资企业所得税优惠过于强调区域优惠，产业导向不明确，不利于经济结构调整。
    （三）、我国现行税收优惠管理模式主要是在新旧体制转换时期不规范的经济环境下形成的，突出的缺陷就是优惠政策的确立不是从社会经济发展和宏观调控全局考虑，而是习惯于"一事一议"及"头痛医头，脚痛医脚"，因而很难避免优惠操作的盲目性和宏观失控。94年税改对税收减免内容和减免权限的调整，并未从根本上触及传统税收优惠管控模式的改革，因此，也难以控制税收优惠泛滥现象不再重新抬头。有些是通过其它方式解决事情，就不一定要用税收优惠来实现。
    税收优惠必须适应国家不同时期的国家发展战略和目标需要，与国家的产业政策、外资政策、区域政策等紧密结合起来，并使国家的各项政策相互协调。一要考虑逐步减少优惠，规范税制，堵塞漏洞；二要考虑逐步减轻企业的负担，逐步增加所得税比重的发展趋势；三要考虑内外资企业平等竞争，实行国民待遇。根据当前形势的发展，从简化原则出发，把对内外资企业实行的多元优惠目标统一到贯彻产业政策为主的目标上来，同时兼顾地区合理布局。
    ① 在大量缩减所得税优惠政策的基础上，要调整所得税优惠的实施范围和方向。所得税的弹性调节功能，并非是指可以任意减免所得税来实施社会经济政策。税收优惠政策的目标应当是促进我国整个社会经济和各地区经济协调稳定地发展，优化产业结构、产品结构使之趋于合理化。在市场经济条件下，国家政策的主要目标，是为所有市场参与主体创造平等竞争的环境。根据国家对经济发展战略的调整，配合实施科教兴国战略、可持续发展战略和西部开发战略，通过财政转移支付支持西部地区发展的同时，取消除此以外的各种区域优惠政策；以产业政策为导向，有选择、有节制的实施对科技、环保等新兴和先锋产业的税收优惠。
    ② 改变税收优惠方式和税收优惠管理方式，堵塞漏洞。要从直接减免税，改为投资抵免、加速折旧等方式。要将优惠政策真正落实在所要优惠的对象上。既要强化税务机关执法权，又要强化对税务机关行政执法权的监督。
    ③ 对减免税款的用途和会计处理都应该有明确规范。减免税是国家对企业的鼓励和优惠，与投资者的现金回报不能等同。国家将减免税款的所有权转让给投资者，目的是支持企业更好地生存发展，在社会经济领域充分发挥社会效益和经济效益。因此，减免税款除某些特殊情况外，原则上应长期留在企业，以所有者权益的形式参与企业资金周转。与此同时，和减免税款相适应的会计处理也应该体现在有关会计准则或会计制度中。
    ④ 有必要深入研究从整个市场经济中新型财政模式上去突破企业所得税优惠问题，先进国家的惯例一般是所得税中企业所得税比重很轻。从我国多年的实践来看，为了保财政，对企业所得税基有了许多限制规定，同时，又有许多优惠性规定，名义税率与实际税负不一致，二者方向相左，实际效果也不好。对企业所得税优惠问题，应适应发展的需要，将总体税负降低，以有利于鼓励投资。
    在增值税延期转型的情况下，可考虑对内资企业的计税工资规定可以取消。同时，对外资企业所得税的优惠给予3-5年的过渡期也有一定的必要性。
    四 、税 收 征 管 权 限 问 题
    合并内外资企业所得税，建立公司所得税，作为中央地方共享税，具体的税收征管权限大体有两种意见：一种意见是既然作为共享税，则为国税局进行征收管理，不仅方便纳税人，还有利于降低税收成本；另一种意见是考虑地税局的职能发挥，最好由国、地税分别分率进行征收管理。国地两家税务机构分别分率进行征收管理，税收征收成本和纳税奉行成本较大，对于纳税人很不便利。我们课题组提出：目前时期可采取税收政策先行统一，征管范围暂时维持不变，待今后条件成熟时，再将企业所得税划归一家税务机构进行征收管理"的方案。